La acción se desarrolla después de los hechos de Tenchu: Birth of the Stealth Assassins, Un malvado clan de ninjas dirigido por el misterioso Kurokaze ha atacado a la princesa de tu clan, Shizuhime, y ha lanzado una maldición sobre ella. Rikimaru y Ayame, dos de los mejores ninjas del clan de Azuma Shinobi Ryu tienen como misión encontrar a esos oscuros ninjas, descubrir su siniestro plan y encontrar el modo de salvar a la princesa.

Tenchu: Dark Secret es un juego de acción con una diferencia, los sistemas de lucha corrientes no son tan importantes como la discreción y la táctica. Este juego hace una diferencia clara entre los temerarios y los astutos, ya que los primeros se lanzarán sin pensárselo dos veces y la fuerza del enemigo les aplastará. Tenchu es un juego de sigilo en el que el jugador debe mantenerse en las sombras y acabar con sus enemigos con la mayor rapidez y sigilo posibles. Sólo si observas los patrones de los guardias enemigos y anticipando la mejor oportunidad para atacar te enseñará realmente cómo trabaja un ninja.