Se subdivide en 23 barrios, 26 ciudades, 1 distrito, 3 pueblos y una villa; y 4 subprefecturas subdivididas en 2 pueblos y 7 villas, que representan a varias pequeñas islas al sur de Honshu que se extienden más allá de 1.800 km de Shinjuku, capital de la prefectura y sede de la gobernación. El Centro de Tokio, con sus 23 barrios, ocupa un tercio de la metrópoli, con una población cercana a los 8.340.000 habitantes; esta área es lo que se conoce internacionalmente como la ciudad de Tokio.
A pesar de que Tokyo es la romanización más correcta del nombre en japonés, el nombre de la ciudad es Tokio en español, alemán, holandés y esperanto, entre otros. En inglés y otros idiomas se escribe Tokyo, aunque antiguamente también se escribía Tokio. En el pasado, la ciudad se denominaba como Tokei, Edo o Yedo.